理事会为研究院的最高决策机构，负责制定、修改智库章程，审定智库重要规章制度，审定智库发展战略和发展规划，审定年度项目和预算，聘任、考核智库项目负责人，听取并审议智库工作报告等。理事会由武汉大学代表、国家部委代表、知名专家代表和企事业单位代表等组成。第三届理事会人员组成具体如下：

理事长：

黄泰岩(武汉大学)

执行理事长：

肖永平（武汉大学）

副理事长：

余劲松（中国人民大学）

理事（按姓氏拼音排序）：

方 卿(武汉大学)

冯 果(武汉大学)

付悦余（民革中央）

黄 进（武汉大学）

黄解放（武汉大学）

黄志雄（武汉大学）

沈壮海（武汉大学）

孙 劲（国际调解院筹备办公室）

余敏友（武汉大学）

喻 杉（美中新视角基金会）

郑 权（南宁港澳台胞联谊会、大西洋置业有限公司）

朱征夫（浩天信和律师事务所）